生物有机肥生产工艺的关键是造粒方式的选择，根据生产工艺要求，目前生物有机肥常用的造粒方式主要有圆盘造粒和挤压造粒二种。因不同的 造粒方式对原料的要求不同，故生物有机肥的生产工艺存在差异。目前，国内生物有机肥的生产工艺主要有以下几种。

圆盘混合造粒流程


圆盘混合造粒工艺流程如图所示。原料干燥除去一定水分后（干燥时，即对原料进行了灭菌处理）进行破碎，然后加入一定量酸碱调节载体pH后与无机肥部分混合均匀，送入圆盘造粒机， 在成粒过程中喷入一定量菌剂，成粒的产品再进行 低温烘干、筛分后，即可得成品。

混合后挤压造粒流程

混合后挤压造粒流程简图如上。原料干燥到含水量低于10%后，破碎，然后与酸碱调节剂、无机化肥、微生物菌剂混合均匀后，送入造粒机造粒，过筛后即得产品。

挤压造粒后喷加菌剂流程

挤压造粒后喷加菌剂流程简图如上。工艺流程与混合后挤压造粒基本相同，但微生物菌剂 的加入是在成粒后。

菌剂粒子与化肥粒子分开造粒后再混合流程

菌剂粒子与化肥粒子分开造粒后再混合流程简图如上。为了减少化肥对微生物菌剂的影响， 先将载体与菌剂造粒后，存放至中间料仓，再与载体和无机肥造粒后的粒子混合，后得产品。